In dit gedeelte bevindt zich het Service Bureau. Wanneer de waterschappen een analyse willen laten uitvoeren, geven ze hiervoor opdracht aan deze afdeling. Het Service Bureau zorgt ervoor dat alle afspraken tussen het waterschap en AQUON duidelijk zijn en dat de benodigde resultaten op tijd worden geleverd. Dit kan gaan over oppervlaktewater, zuiveringen, sensoren en over opdrachten die AQUON aan andere laboratoria uitbesteedt omdat we niet alles zelf kunnen doen. Ook het maken van afspraken met die laboratoria wordt door deze afdeling gedaan. 

Bijvoorbeeld, als een waterschap wil weten of het veilig is om ergens te zwemmen, vraagt men aan AQUON om te controleren of er giftige blauwalgen in het water aanwezig zijn. Het Service Bureau zorgt ervoor dat de juiste analyses worden uitgevoerd en dat de resultaten bij de juiste mensen binnen het waterschap terechtkomen. Die kunnen dan bepalen of veilig is om te zwemmen. 

Om al die communicatie over opdrachten en resultaten goed te laten verlopen wordt gebruik gemaakt van software. Als die beter gemaakt kan worden of als daar problemen zijn weet het Service Bureau welke specialisten ingeschakeld moeten worden. 

Het Service Bureau is de plek waar alle vragen van de waterschappen binnen komen en worden beantwoord.